Bệnh viện Đa khoa huyện Ba Tri được thành lập theo Quyết định số 2552/QĐ-UBND ngày 02 tháng 8 năm 2005 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bến Tre (được tách ra từ Trung tâm y tế huyện Ba Tri).
Ngày 26/02/2016 Bệnh viện nhận quyết định số 404/QĐ-UBND của UBND tỉnh Bến Tre v/v thành lập Bệnh viện Đa khoa Khu vực Ba Tri.
Bệnh viện đã đầu tư mở rộng cơ sở vật chất, trang thiết bị y tế hiện đại, triển khai nhiều kỹ thuật mới trong khám, chữa bệnh như: mổ kết hợp xương, mổ cắt tử cung, chèn bóng điều trị băng huyết sau sanh, mổ lấy thai lần II…và nhiều kỹ thuật khác, lượng bệnh đến khám, điều trị tăng lên hằng năm, sự hài lòng của người bệnh qua khảo sát hài lòng hằng năm tăng lên đáng kể, nguồn nhân lực được đưa đi đào tạo hằng năm tại các trường đại học và các bệnh viện tuyến trên qua đó góp phần nâng cao chất lượng điều trị và đáp ứng tốt sự hài lòng của người bệnh hạn chế chuyển viện lên các bệnh viện tuyến trên. Với những nổ lực không ngừng nghỉ Bệnh viện đã được Ủy ban nhân dân tỉnh Bến Tre công nhận Bệnh viện đa khoa khu vực vào năm 2016 và nâng hạng Bệnh viện từ hạng III lên hạng II năm 2018.