Bệnh viện Đa khoa huyện Mường Khương được thành lập theo quyết định số: 3812/QĐ-UBND ngày 26/12/2006 của UBND tỉnh Lào Cai về việc thành lập Bệnh viện đa khoa các huyện và Quyết định số: 47/QĐ. SYT ngày 12/3/2007 của Sở y tế tỉnh Lào Cai về việc qui định tổ chức bộ máy Bệnh viện đa khoa huyện Mường Khương.
Là 1 trong 62 huyện nghèo nằm ở phía Bắc của tổ quốc, dân số gần 6,1 vạn dân gồm 14 dân tộc anh em sinh sống với 73, 3 km đường biên giới tiếp giáp Trung Quốc, giao thông đi lại khó khăn, đồng bào sinh sống ở đây chủ yếu là đồng bào dân tộc thiểu số nhận thức về chăm sóc bảo vệ và nâng cao sức khỏe chưa đồng đều; giao thông đi lại khó khăn, khí hậu lạnh ẩm ướt ảnh hưởng rất lớn đến công tác chăm sóc và bảo vệ và nâng cao sức khỏe nhân dân trên địa bàn.
Nhu cầu khám, chữa bệnh của người dân lớn hơn so với nhu cầu và khả năng đáp ứng của đơn vị, nhiều năm liền công suất sử dụng giường Bệnh của đơn vị luôn đạt trên 100%, cán bộ phải làm đêm, thêm giờ nhiều, phải hợp đồng thêm cán bộ ngoài quỹ tiền lương đảm bảo hiệu suất và chất lượng công việc.