Bệnh viện đa khoa Phú Yên mới được xây dựng tại TP. Tuy Hoà, có quy mô 500 giường bệnh với tổng vốn đầu tư 187,3 tỉ đồng từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ. Bệnh viện có cơ sở vật chất và trang thiết bị hiện đại với tổng diện tích sàn là 6.767m2 của cả 6 khối nhà, quang cảnh thoáng đãng, nhiều cây xanh.
Từ năm 2006 đến nay, về hoạt động chuyên môn, Bệnh viện đã đạt được nhiều thành tựu nổi bậc tạo được đà cho sự phát triển chuyên môn và nâng cao chất lượng khám chữa bệnh vào những năm tiếp theo. Cụ thể là nhiều kỹ thuật cao trong chuẩn đoán và điều trị đã được áp dụng thành công và phổ biến như phẫu thuật nội soi, phẫu thuật sọ não, phẫu thuật tiết niệu, bướu cổ...Các kỹ thuật mới trong cận lâm sàng như: chẩn đoán hình ảnh, sinh hóa, huyết học, truyền máu, vi sinh từng bước được ứng dụng trong chẩn đoán, điều trị góp phần nâng cao chất lượng điều trị và hiệu quả khám bệnh, chữa bệnh với mục tiêu hướng đến là bệnh viện có trình độ kỹ thuật cao trong khu vực miền Trung.