Bệnh viện Đa khoa Quận Ô Môn tiền thân được chia tách từ Trung tâm Y tế huyện Ô Môn cũ thành Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn và Trung tâm Y tế Dự phòng quận Ô Môn.
Bệnh viện Ô Môn chính thức thành lập từ tháng 8 năm 2009 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ và được nâng từ Bệnh viện hạng III lên Bệnh viện hạng II vào ngày 13 tháng 9 năm 2011 với quy mô 200 giường bệnh và 220 biên chế được Sở Y tế giao năm 2013.
Bệnh viện Đa khoa quận Ô Môn là đơn vị sự nghiệp công lập, thực hiện theo Nghị định 43 của Chính phủ, chịu sự quản lý trực tiếp về chuyên môn của Sở Y tế thành phố Cần Thơ và chịu sự lãnh, chỉ đạo về công tác Đảng và chính quyền của Quận ủy và Ủy ban nhân dân quận Ô Môn.
Trải qua thời gian hình thành và phát triển, cán bộ công chức và bác sĩ bệnh viện Ô Môn luôn cố gắng phấn đấu đưa bệnh viên ngày càng thăng tiến cũng như đem lại những dịch vụ tốt nhất cho bệnh nhân.