Bệnh viện Đa khoa quận Thốt Nốt là đơn vị hành chính sự nghiệp chỉ tiêu giường bệnh được giao từ năm 2010 – 2012 là 250 giường; năm 2013 và 2014 là 300 giường; đến nay đơn vị đã có 18 đơn vị khoa, phòng (gồm 04 Phòng chức năng và 14 khoa trực thuộc).
Bệnh viện Đa khoa quận Thốt Nốt là đơn vị có định mức sử dụng giường bệnh nội trú, vì vậy công tác điều trị là một trong những nhiệm vụ trọng tâm của bệnh viện.
Công tác khám, chữa bệnh cho đối tượng có thẻ bảo hiểm y tế và các đối tượng gia đình chính sách luôn được quan tâm; không phân biệt khám, chữa bệnh giữa người bệnh có thẻ hay không có thẻ bảo hiểm y tế và giữa đối tượng chính sách với các đối tượng khác.
Bệnh viện xây dựng kế hoạch phát động các phong trào thi đua từ đầu năm đến từng bộ phận các khoa, phòng và lập danh sách từng cá nhân đăng ký thi đua. Sau mỗi đợt phát động thi đua có đánh giá kết quả thực hiện, qua đó đã động viên khuyến khích CBVC các đơn vị trực thuộc nỗ lực phấn đấu thực hiện tốt các chỉ tiêu nhiệm vụ được giao.