Bệnh Viện Mắt Huế được thành lập theo QĐ 2170/QĐ- UBND ngày 04 tháng 07 năm 2005 của UBND tỉnh Thừa Thiên Huế. Khi thành lập Bệnh Viện được đóng trên địa bàn xã Phú Thượng huyện Phú Vang.
Bệnh viện Mắt Huế là bệnh viện hạng II trực thuộc Sở Y Tế, chịu sự quản lý toàn diện của Giám đốc Sở Y tế, chịu sự chỉ đạo về chuyên môn, kỹ thuật của bệnh viện Mắt Trung ương, có chức năng triển khai thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn kỹ thuật về phòng chống, khám chữa bệnh về chuyên khoa Mắt cho nhân dân trong tỉnh và các tỉnh trong vùng, phát triển theo hướng chuyên khoa sâu của khu vực miền Trung.
Kể từ tháng 4 năm 2012, bệnh viện Mắt Huế được xây dựng mới hiện đại với quy mô 90 giường trên khu đất rộng 12.000m2 tại khu quy hoạch Vĩ dạ 7, thành phố Huế. Đây là một trong những bệnh viện chuyên khoa Mắt có kiến trúc hiện đại với 3 khối nhà: 2 tầng, 3 tầng và 5 tầng, tổng diện tích sử dụng hơn 6.000m2.