Cơ sở Ngọc Hồi nằm cách trung tâm khoảng 10km, cạnh các tuyến đường quốc lộ (Quốc lộ 1 cũ, đường cao tốc Pháp Vân – Cầu Giẽ, đường cao tốc trên cao). Đây là khu vực khám và điều trị chính của Bệnh viện Nội tiết Trung ương, nơi tập trung các chuyên gia và đội ngũ y bác sĩ chủ chốt. Ngoài ra, cơ sở này cũng được trang bị nhiều máy móc hiện đại, đáp ứng được nhu cầu khám chữa bệnh của người dân.