Bệnh viện Phụ sản – Nhi Đà Nẵng được tổ chức lại từ Trung tâm Phụ sản – Nhi thuộc Bệnh viện Đà Nẵng (số 402 Lê Văn Hiến, phường Khuê Mỹ, quận Ngũ Hành Sơn) và chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc Sở y tế thành phố. Hiện bệnh viện Phụ sản Nhi Đà Nẵng là bệnh viện chuyên khoa hạng 1 về lĩnh vực Phụ sản và Nhi khoa với quy mô hơn 900 giường nội trú. Đến nay, đơn vị này có con dấu riêng và có tư cách pháp nhân được mở tài khoản riêng tại Kho bạc nhà nước theo đúng quy định pháp luật.
Bệnh viện Phụ sản – Nhi Đà Nẵng trang bị cơ sở vật chất hiện đại tân tiến, hầu hết đều được nhập từ các nước có nền y khoa tiên tiến như Đức, Pháp, Anh,…
Bộ máy tổ chức Bệnh viện Phụ sản – Nhi Đà Nẵng gồm có 38 khoa phòng với 900 giường bệnh nội trú và 1 trung tâm trực thuộc.