Bệnh viện Phụ sản Cần Thơ thành lập năm 2014 trên cơ sở tách ra từ Bệnh viện Đa khoa TP. Cần Thơ. Năm 2007, lãnh đạo Ủy ban Nhân dân và Sở Y tế thành phố đã chỉ đạo Ban Giám đốc bệnh viện bắt đầu thực hiện công tác đào đạo đội ngũ cán bộ và phát triển kỹ thuật chuyên sâu nhằm mục đích hướng tới hình thành Bệnh viện Phụ sản.
Bệnh viện Phụ sản Cần Thơ là một đơn vị đi đầu về việc áp dụng thành công kỹ thuật nội soi trong chẩn đoán, điều trị các bệnh phụ khoa, đặc biệt phẫu thuật nội soi tử cung, khối u buồng tử cung, bệnh lý sàng chậu…
Hiện nay, bệnh viện đã mở rộng thêm các kỹ thuật sàng lọc sơ sinh, điển hình như sàng lọc khiếm khuyết thính lực bẩm sinh, sàng lọc tim bẩm sinh… Ngoài ra, bệnh viện còn thực hiện thăm khám và điều trị chăm sóc Sơ sinh…