Ngày 20 tháng 8 năm 1998, Ủy ban nhân dân tỉnh Cần Thơ ban hành Quyết định số 2075/1998/QĐ.Ct.TCCB Thành lập Trung tâm Tai Mũi Họng tỉnh Cần Thơ, với cơ sở hoạt động ban đầu là tòa nhà 3 tầng với diện tích sử dụng là 1416 m2. Nguồn nhân lực của Trung tâm lúc đó là 20 cán bộ, viên chức được tách ra từ Trung tâm Mắt – Răng hàm mặt và 02 viên chức từ Bệnh viện đa khoa TP Cần Thơ.
Trải qua 20 năm hoạt động, Bệnh viện Tai Mũi Họng TP Cần Thơ không ngừng hoàn thiện và phát triển về cơ cấu tổ chức đến trang thiết bị y tế và chuyên môn.
Đến thời điểm hiện tại, Bệnh viện có tổng số 13 khoa, phòng (trong đó có 8 khoa, 5 phòng) và 72 cán bộ, công chức viên chức, trong đó đội ngũ đại học và sau đại học chiếm 59% ( 01 tiến sĩ, 03 bác sĩ chuyên khoa II, 01 dược sĩ chuyên khoa II, 13 bác sĩ chuyên khoa I và 25 cán bộ, viên chức trình độ đại học).
Về chuyên môn: Bệnh viện Tai Mũi Họng TP Cần Thơ là bệnh viện chuyên khoa tai mũi họng hạng II duy nhất ở đồng bằng sông Cửu Long. Cùng với đội ngũ bác sĩ có chuyên môn cao, bệnh viện đưa nhiều kỹ thuật tiến tiến vào thực hiện tại bệnh viện như cấy điện cực ốc tai, trang thiết bị y tế như máy citi- scanner 16 lát cắt, máy gây mê… Bệnh viện cũng đang triển khai xây dựng hệ thống phòng thính học đạt chuẩn quốc tế …