Bệnh viện Y học Cổ truyền Cần Thơ có tiền thân là Khu vực An dưỡng Hậu Giang. Vào tháng 1/1978, khung bệnh viện được hình thành với quy mô 50 giường và 16 cán bộ y tế. Ngày 29/12/1994, Bệnh viện Y học Cổ truyền Cần Thơ ra đời với việc sáp nhập 2 đơn vị là Bệnh viện Y học Dân tộc và Bệnh viện Điều dưỡng.
Bệnh viện có chức năng khám chữa bệnh đa khoa và phục hồi chức năng bằng y học cổ truyền, kết hợp với y học hiện đại, từng bước nâng cao chất lượng khám chữa bệnh. Bệnh viện quy tụ đội ngũ bác sĩ đầu ngành, chuyên môn cao, tâm huyết với nghề, thường xuyên được bồi dưỡng về y nghiệp và y đức nhằm nâng cao nhận thức của các bộ trong việc chăm lo sức khỏe cho người bệnh.